Im Zuge der kirchlichen Verwaltungsreformen, die der erste Bischof im Münsterland traf und durch die er die fünf alt-sächsischen Gaue in 40 Pfarrbezirke aufteilte, entstand mit der Errichtung der ersten Ochtruper Kirche auch das Pfarrgebiet oder das Kirchspiel „Uhtepe“.

Das Schicksal der Deportation in das Frankenland scheint auch den Besitzer des Ochtruper Haupthofes (Pröpstinghof) getroffen zu haben. Dies lässt sich daraus schließen, dass der Pröpstinghof Eigentum der Bischöfe von Münster war. Von hier aus überwiesen die Bischöfe Friedrich 1. (1063 bis 1084), Erpho (1084 bis 1097) und Burchard (1097 bis 1118) verschiedene Renten an das Kloster St. Mauritz bei Münster, wie 20 Schillinge, 1 Malter Malz, 1 Schwein, 1 Scheffel Weizen, 8 Stück Käse und 8 Denare. Zudem hat dem Bischof von Münster von jeher das Verleihungsrecht zu der Pfarrstelle von Ochtrup zugestanden.

Im Laufe des 12. oder 13. Jahrhunderts ging der Hof in das Eigentum des Stifts St. Mauritz über, welches bisher nur die vorgenannten Einkünfte von dem Hof hatte. Von dem Umstand, dass nun der Probst von St. Mauritz die Einkünfte bezog, rührt auch der Name Pröpstinghof her, während der ursprüngliche Name Ochtepe auf die Pfarrei und das Dorf überging.

Urkundlich wird die Pfarre Ochtrup erstmals im Jahre 1203 erwähnt. Damals übertrug der Bischof Herimann II. (1174 bis 1203) das Archidiakonat über die Pfarrstellen von Ochtrup und Wettringen dem Kloster zu Langenhorst.

Der Abtissin von Langenhorst beziehungsweise ihrem Stellvertreter, dem Dechant von Langenhorst stand das Recht der Investitur und der Visitation zu, das heißt: Sie setzte die Pfarrer ein, sie kontrollierte jährlich die Kirchenrechnungen. Alle Beschlüsse der Kirchengemeinde bedurften ihrer Genehmigung. Auch die Amtsführung und den Lebenswandel der Priester ihres Archidiakonates hatte sie zu überwachen.

Patron der Ochtruper Kirche war von je er der Heilige Lambertus. Ob Reliquien von ihm nach Ochtrup gelangt sind, lässt sich nicht belegen, ist aber als wahrscheinlich anzusehen, da sich so die Wahl des Pfarrpatrons erklären lässt. Am ehesten dürfte dies unter Bischof Erpho (1084 bis 1097) möglich gewesen sein. Sein Bruder war Bischof in Lüttich, wo im Dom die Gebeine des Hl. Lambertus liegen. Der Lütticher Bischof assistierte seinem Bruder bei der Einweihung des nach dem Brande von 1071 wieder aufgebauten Domes. Möglicherweise hat er damals Partikel vom Hl. Lambertus mitgebracht.

Die Grenzen der Pfarrei Ochtrup sind im wesentlichen immer die gleichen gewesen wie sie bis vor der Ausgliederung der Tochterpfarrei St. Marien bestanden haben. Doch war die Gemeinde erst sehr spärlich bevölkert. Im Jahre 1498 wird die Zahl der Kommunikanten mit 441 angegeben. Epe hatte damals 480, Wettringen 298, Welbergen 162 und Langenhorst 48. Das lässt für Ochtrup auf eine Einwohnerzahl von 700 bis 800 schließen. Bis zum Anfang des 17. Jahrhunderts stieg die Zahl auf etwa das Doppelte, denn der Ochtruper Pastor Johannes Biefang gab auf einer Konferenz 1616 in Langenhorst die Zahl der Kommunikanten mit 1000 an, was einer Einwohnerzahl von 1500 entsprechen mochte.

Das Ende des 16. Jahrhunderts brachte für Ochtrup schwere Jahre. Der spanisch-niederländische Krieg um die Loslösung der niederländischen Provinzen von der spanischen Krone hatte viele spanische Kriegerscharen ins Land geholt, die sich in keiner Weise um die Neutralität des Bistums Münster kümmerten. Sie zogen plündernd und brandschatzend umher. Am 9. Januar 1595 kamen sie auch nach Ochtrup. Sie plünderten und raubten, was ihnen wert erschien. Den Hausleuten nahmen sie das beste Vieh weg und schlachteten es und was sie nicht sofort verzehrten, salzten sie ein und nahmen es mit, als sie wieder abzogen. Auch die Kirche plünderten sie. Der Schaden wurde auf 2000 Taler geschätzt. Um Johanni des gleichen Jahres kamen die Spanier erneut und nahmen mit, was sie beim ersten Mal verschont hatten.

Diese wiederholten feindlichen Überfälle brachten die Ochtruper auf den Gedanken, sich durch Wall und Graben zu schützen. Nachdem nach vielen vergeblichen Bittgesuchen der Fürstbischof von Münster seine Zustimmung gegeben hatte und unter anderem von Johann von Billerbeck Grund und Boden käuflich erworben worden war, wurde 1595 und in den folgenden Jahren der Ort befestigt. Seitdem wurde Ochtrup sowohl Festung als auch Wigbold und Stadt genannt.

Schon 1598 kamen die Spanier erneut in großer Zahl und nahmen die Stadt ein. Sie zwangen die Ochtruper, eine große Anzahl von Kriegsknechten den ganzen Winter über bis Ostern mit allem Nötigen zu versorgen. Zu allem Unglück brach 1598 infolge Mißernte eine Hungersnot aus, wie man sie seit Menschengedenken nicht mehr erlebt hatte. Der Schaden, den die Spanier diesmal anrichteten, wurde auf 8000 Taler geschätzt.

Die Not und die Bedrückung erfüllte die Ochtruper mit Ingrimm, und ohnmächtigem Hass. Eine Sage erzählt, dass 1598 in einer Schänke auf der Weinerstraße zwanzig spanische Söldner, als sie volltrunken auf dem Stroh lagen, von zwei Bürgern mit einem langen Wiesbaum, den sie der Reihe auf die Kehlen gedrückt hatten, festgehalten und vom Ochtruper Schmied erschlagen worden seien (nach Hermann Reckels).

Schon ein Jahr später brach neues Unglück über die Gemeinde herein. Dies legte die neuerstandene Festung in Schutt und Asche und vernichtete das Letzte, was den Leuten geblieben war.

Durch Blitzschlag kam „Dückers Haus außer der Stadt“ in Brand. Dieser griff schnell um sich. 53 Häuser und die Kirche wurden fast ganz vernichtet. Die Glut war so groß, dass selbst die Glocken schmolzen. Das Kirchendach, mit Blei gedeckt, zerschmolz vollständig. So war aus dem aufstrebenden Ort durch die Naturkatastrophe ein Trümmerhaufen geworden, aus dem die Bewohner kaum das nackte Leben hatten retten können. Die Not war unvorstellbar groß. In weiten Teilen des Münsterlandes und im benachbarten Bentheimischen erfolgte darum eine Sammlung für die schwer heimgesuchte Bevölkerung der Stadt.

Der bald darauf folgende Dreißigjährige Krieg brachte weitere Drangsale. Mehrfach wurden die Grenzorte durch die Landsknechte beider Parteien geplündert und gebrandschatzt. Was nur immer zu erhaschen war, wurde geraubt. Nachdem sie Kisten und Kasten zerbrochen und alles verdorben hatten, was sie nicht mitnehmen konnten, zogen sie weiter. Seit Dezember 1622 lag in Ochtrup eine 500 Mann starke Kompanie unter Kapitän Plettenberg. Doch auch diese Streitmacht war nicht imstande, feindliche Übergriffe und Einfälle zu verhindern. So blieb denn auch die Furcht vor weiteren Drangsalen in der Bevölkerung bestehen, die durch das Benehmen der befreundeten Söldner eher noch verstärkt wurde, denn diese waren nicht viel besser als die gegnerischen.

Der Krieg, den Fürstbischof Bernhard von Galen gegen die Holländer führte, brachte für die Grenzstädte wie Ochtrup neue Drangsale mit sich. Ochtrup wurde besonders hart mitgenommen, da es wiederholt der Sammelpunkt war, von wo aus die Heere ihre Feldzüge antraten. So brach im September vom großen Esch (Niederesch) ein Heer von 42000 Mann auf, welches in Holland einrückte, Borkeloe und Oldenzaal eroberte, Enschede plünderte und Losser in Asche legte.

Im Januar des nächsten Jahres brachen in Ochtrup 10000 Mann auf, um das erste Heer zu unterstützen. Allein durch das unbeständige und nasse Wetter konnten sie nichts ausrichten. Die Truppen gingen zum größten Teil zu Grunde, denn unter den Soldaten brach die Pest aus. Dieselbe wurde auch nach Ochtrup verbreitet, als Oberst Wallpohl mit dem Rest seiner Truppe hier ein Nachtquartier aufschlug.

Zu ihrem Glück waren die Ochtruper beim Anrücken der Soldaten geflüchtet, so dass sie das Schlimmste von sich abwehren konnten. Von dieser Folge von Unglücksfällen scheint sich die Gemeinde durch eine Reihe von guten und ruhigen Jahren ziemlich schnel1 erholt zu haben. Das lassen die Anschaffungen vermuten, die Pfarrer Joachim Zurhorst (1685 bis 1704) durch Spenden tätigen konnte